| どうぐの名前 | 説明 |
| ろうやのかぎ | パイラタウンの警察署にあるろうやのトビラのカギ |
| エレベーターキー | パイラタウンの廃ビルのエレベーターの扉を開けるカギ |
| Ｆーディスク | アンダーのＵＦＯを前に動かすためのディスク |
| Ｒーディスク | アンダーのＵＦＯを右に動かすためのディスク |
| Ｌーディスク | アンダーのＵＦＯを左に動かすためのディスク |
| Ｄーディスク | アンダーのＵＦＯを下に動かすためのディスク |
| Ｕーディスク | アンダーのＵＦＯを上に動かすためのディスク |
| ちかてつのカギ | アンダーの地下鉄を動かすためのカギ |
| メインゲートキー | ダークポケモン研究所の外の扉を開けるカギ |
| カードキー | ダークポケモン研究所の中に入るためのカギ |
| ちかつうろのカギ | ダークポケモン研究所の地下の扉を開けるカギ |
| ＤＮＡサンプル | ベイリーフのＤＮＡサンプル |
| ＤＮＡサンプル | マグマラシのＤＮＡサンプル |
| ＤＮＡサンプル | アリゲイツのＤＮＡサンプル |
| ＤＮＡサンプル | ウソッキーのＤＮＡサンプル |
| ＤＮＡサンプル | ムウマのＤＮＡサンプル |
| ＤＮＡサンプル | グラエナのＤＮＡサンプル |
| ＤＮＡサンプル | ライコウのＤＮＡサンプル |
| ＤＮＡサンプル | エンテイのＤＮＡサンプル |
| ＤＮＡサンプル | スイクンのＤＮＡサンプル |
| データロム | ボルグの机にあった重要なデータが入っているディスク |
| はがねのいれば | アンダーのおじいさんが落とした入れ歯 |
| はぐるま | パイラタウンの風車の部品 |
| ＩＤバッジあか | ミラーボが持っていた赤いバッジ |
| ＩＤバッジみどり | ダキムが持っていた緑のバッジ |
| ＩＤバッジあお | ヴィーナスが持っていた青いバッジ |
| ＩＤバッジきいろ | ボルグが持っていた黄色いバッジ |
| ボルグファイルＤ | ダークポケモンについて書かれたレポート |
| ボルグファイルＨ | ハイパー状態について書かれたレポート |
| ボルグファイルＣ | セレビィについて書かれたレポート |
| ボルグファイルＲ | リライブについて書かれたレポート |
| ボルグファイルＦ | ボルグによって書かれたリライブについての最後のレポート |
| コロンケース | ダークポケモンのリライブが進むかおりを入れるケース |
| きょうかパーツ | スレッドに渡すようにザックから頼まれた大切なパーツ |